Recherche de lien de clonalité

 

En cas de suspicion de cas groupés, un sous-typage moléculaire est effectué soit par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) soit par rep-PCR/DiversiLab® afin de mettre en évidence une clonalité éventuelle entre plusieurs souches.

Le principe du PFGE repose sur une migration par électrophorèse en champ pulsé d’ADN génomique digéré par l’endonucléase SmaI.ou Cfr9I. L’existence de pulsotypes aux profils différents au sein d’un même génotype emm, illustre la présence de clones différents. L’identité des pulsotypes constitue un critère important en faveur de l’origine clonale de souches liées épidémiologiquement.

Cependant les pulsotypes des souches de génotype emm1 présentent habituellement une faible variabilité, d’où la nécessité de recourir à d’autres techniques notamment le séquençage du gène sic.

La rep-PCR/DiversiLab® permet d’amplifier des fragments de taille variable à partir de séquences répétées réparties sur l’ensemble du génome. Ces fragments sont ensuite séparés par électrophorèse dans une puce soumise à un laser ce qui génère un graphique de l’intensité de la fluorescence en fonction du temps. Ce graphique traduit un patron de l’empreinte génétique spécifique à chaque échantillon.

 

clonalite 1

 clonalite 3

  clonalite 2

 clonalite 4

Electrophorèse en champ pulsé d’ADN de souches de streptocoque du groupe A digéré par l’enzyme de restriction SmaI

 

Comparaison des profils obtenus par électrophorèse en champ pulsé et la technique de rep-PCR/DiversiLab® de souches de streptocoques du groupe B

Alignement des séquences nucléotidiques du gène sic de souches de streptocoque du groupe A de génotype emm1

 

  

 

         

 

 

 

 

 

 

 

 



















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